故事开场紧接着第一集的结尾，“金刚狼”罗根为了找回自己过去的记忆离开了X教授的学校，隐姓埋名前往艾卡里湖(Akali Lake)工业中心；另一边，人类议会正忙于重建在变种人大战中受到重创的自由女神像；万磁王则继续在X教授精心打造的塑料监狱中服刑。从表面上看这个世界似乎渐渐回复了正常，但是X...

《X战警》(X-Men)由美国漫威（Marvel）出品，讲述了这个世界上中存在一小部分基因变异的人类，他们拥有各种各样的超能力，被称为“变种人”。大部分人类对于这群异类产生了恐惧和敌视，甚至加以攻击。万磁王为了争取更多变种人的权利，聚集了一批部下不断针对人类进行破坏；而X教授则致力于人类与变种人之间的和谐生存。X教授创办了X学院，收取变种人学生，教导他们知识，让他们能合理运用自己的能力。并培养他们成为X战警，保卫人类与变种人。

变种人的领袖X教授主张对人要宽容，万磁王相信适者生存的理论。两人的想法南辕北辙，将整个变种人的世界推进到最紧的状态，战争已经一触即发。经过几番周折和惊心动魄的战争之后，最终金刚狼还是将“凤凰女”忍痛杀掉，以结束灾难。但是，面对大恶人“万磁王”的阴谋和“凤凰女”可怕的超级力量，新老X战警们还是吃尽了不少的苦头。

具有特殊能力的一群变种人组成了一个维护世界的小组——X战警小队。成员包括能吸收对方记忆的淘气、双眼能放致命射线的独眼狼、能随意控制气候的暴风女、具有隔空取物和瞬间移动移动能力的琴葛蕾。