电视剧《三滴血》将明朝宫廷的“三大疑案”之一的“红丸案”与“滴血验亲”的民间传奇故事有机的结合，集扑朔迷离的公案戏与奇巧离奇的民间传奇于一体，形成“案中案”、“奇中奇”，使故事更具有悬疑色彩。独特而传奇的案情、浓烈而纠葛的情感、悲、喜剧化同时并存的人物命运、丰富的民间韵味是本剧的精华所在。在破案过程中，炽烈的爱情、浓烈的父子情、父女情交织其中；双胞胎兄弟相同的相貌使爱情和案情更加扑朔迷离；有为了财产杀死父亲、兄弟反目为仇的原罪，有追求真实却又违背真实，不畏权贵却又被权贵所利用，充满喜剧性格的悲剧人生。 　　万历四十八年，光宗皇帝患重病，服用第一颗红丸后病情好转，服用第二颗后却不治而亡。而进药的鸿卢寺卿李可灼在监狱中神秘失踪。熹宗皇帝即位，太监魏忠贤利用“红丸”案排除异己，残害忠良，独揽朝政，成为一人之下，万人之上的九千岁。 　　崇祯皇帝即位，魏忠贤准备好了秘密武器要致崇祯于死地。崇祯也察觉到了魏忠贤的狼子野心，意欲除掉魏忠贤。恰逢此时七品县令金信书在山西五台县发现了红丸踪迹，上报至京，崇祯立即封金信书为钦差大臣，开始秘密调查“红丸”案。 　　金信书是位聪明睿智又倔强迂腐、凡事总不想按常理出牌的七品钦差。当时魏忠贤势力如日中天，东厂的势力遍布朝野，金信书查“红丸”无异于向魏忠贤挑战，江湖立刻搅起一片血雨腥风…… 　　伴随着血雨腥风的还有一个接一个的传奇故事，周风尘(当年的李可灼)刚刚浮出水面便离奇死去，两个儿子周人瑞和周人祥各为自己利益互相指证对方。案件扑朔迷离，金信书为查清真相，用“滴血验亲”之法错逼死周人瑞。周天佑为报父仇誓杀金信书，却和金信书的女儿莲心患难与共，深深相爱……金信书追查周天佑到西安竟然发现了一个和周天佑长的一模一样的年轻人，再一次的滴血认亲却又证明这个叫李遇春的年轻人和周天佑毫无关系，但这个李遇春却要和自己的亲姐姐李晚春结婚……金信书第三次滴血拆散了这对“亲姐弟”夫妻，致使李晚春落入纨绔子弟阮自用之手，金却发现阮自用不但是自己的副手王纯的私生子，而且阮自用竟然有红丸药方…… 　　案子再往下继续，莲心发现自己不是金信书的亲生女儿，李遇春发现自己和周天佑是孪生兄弟，金信书发现自己的助手是东厂的资深特务，而魏忠贤发现金信书竟然是自己的亲生儿子，崇祯发现魏忠贤有熹宗的遗腹子，大家发现光宗吃的红丸竟然无毒……君与臣、父与子，忠孝仁义孰真孰假，到底谁在利用谁，谁又置谁于死地？“红丸案”背后隐藏何等政治斗争，何以悬而不解？金信书先后五次“滴血验亲”正确与否，玄机何在？

周人瑞是山西五台县人，在陕西韩城县经商。其妻在生下一对孪生儿子后死去。周人瑞无力抚养，便请邻居王妈妈将次子卖给李三娘为嗣，取名李遇春。留下长子托王妈妈乳育，取名周天佑。周人瑞因生意倒闭，携天佑回乡。周人瑞的弟弟周人祥夫妇为独霸家产，不认天佑是周人瑞的亲子，涉讼公堂。县令晋信书偏是一个死啃书本的腐儒，见汝南先贤传有“陈业滴血认亲”的记载，便用此法断案。见周人瑞父子滴血入水不融，即错断其并非骨肉，勒令押解天佑出境自行归宗。遇春在李三娘的抚养下长大成人，与李三娘亲生女儿晚春姐弟相称，感情甚为融洽。李三娘有意要遇春继承门户，与王妈妈商定，假称女儿晚春是自己的养女，欲与遇春婚配，但尚未成婚，李三娘病逝。土豪阮自用垂涎晚春已久，捏造庚帖，借吊唁之机，前来诈婚，挑起讼端。晋信书来审此案。晋信书仍用滴血认亲之法，见二人血液融合，误断二人乃一母同胞不能成婚，将晚春判与。

以横跨东北的人口贩卖案为背景，讲述刑满释放的朱邵玉（胡歌饰）意外卷入案件，与身怀六甲的李棋（文淇饰）、哑巴男孩冰棍假扮成一家人，在游走于犯罪网络的过程中揭露家族式人口贩卖的黑暗链条。

善恶难辨的男人“驯鹿”，身怀六甲的女人李棋，哑巴男孩冰棍，三人假扮成一家人，游走于猎物与猎人之间，暗流已至，生死一瞬，一个关于家族式人口贩卖的黑暗链条逐渐浮出水面！