影片背景设置在11世纪的波斯，一位英国人为了学习医术掩盖其天主教徒的身份，加入了伊斯巴罕一所只招收穆斯林和犹太人的医学院。他治随的老师名叫阿维森纳，是历史上著名的犹太科学家、思想家和医生。阿维森纳的著作达200多种，最著名的有《哲学、科学大全》，在当时是高水平的百科全书；另一部巨著是《医典》，直到17世纪西方国家还视为医学经典，至今仍有参考价值。《神医》结合史诗与虚构，展现了在那个被愚昧和迷信统治的世纪里一群人探索真知的无畏精神。

清末，沧州的乡下郎中喜来乐常常以奇招怪法治病救人，本与世无争，京城的靖王爷的格格得了重病被太医王天和宣布为绝症，靖王爷亲信鲁正明将喜来乐拉到京城为格格治病，喜来乐用裸体熏浴法将牙关紧闭、汤水不进的格格救活，赢得靖王爷称赞，但却引起王太医切齿的嫉恨，于是千方百计对喜来乐加以谋害。喜来乐本来就恋着在沧州开饭馆的情人，年轻漂亮的寡妇赛西施，更不愿在京城这是非之地与王太医纠缠，他几番谢绝靖王爷挽留美意，靖王爷和鲁正明用计终于将他留在京城，并把他设在沧州的“一笑堂”搬到京城来开业。在京城，喜来乐先是屡屡以偏方怪招儿疗治好各类病人的疑难杂症，令京城人大开眼界，赢得神医的美誉，后又进皇宫以妙方给珍妃瞧好了杖伤，得到皇上的赏识。这更叫嫉贤妒能的王太医寝食难安，他派人火烧了刚刚建好的“一笑堂”，听说喜来乐葬身火海，王天和不免又自我良心折磨，跪在菩萨面前忏悔。不料喜来乐阴差阳错的逃离了火场，王天和杀心愈切，屡屡在慈僖太后面前诬陷喜来乐，喜来乐不得不与王天和展开一番又一番的周旋较量，虽然他以自己独特的狡黠一次又一次地躲闪过王天和的暗算，但他仍苦恼不已，同是行医人，为什么如此苦苦相煎？

讲述了神医华佗行侠仗义、四处行医,以及他和一位公主之间的情感纠葛故事.

人世间，真正长生不老的，是亘古不变的真情 　　黑齿国；西南神秘之地。缇萦乃名医淳于意的女儿，因不好好学医，反而整天惹祸，被父亲罚到山中采药。时；大将军刘襄奉吕后命进攻黑齿国。被惊吓的缇萦巧遇前来盗取「不老药」的刘章，二人相遇后即展开一波波的事件。刘章出身贵族，表面上是吕后宠信的杀手，其实有他不为人知的计画。与哥哥刘襄和妹妹刘珊感情非常好。 　　是夜；莫娘入宫盗药，吕后震怒擒捕京城医生，淳于意入牢，缇萦心急救父，结识琴子。 　　刘章小时候无意中使得翁主琴子落入寒潭，造成终身痼疾，刘章在抱憾下对琴子的感情是亏欠，以致琴子误会对她有爱，是吕后利用的棋子来制造刘襄与刘章兄弟间的矛盾。 　　刘章依线索找到回春的莫娘，抢得「不老药」时；缇萦在琴子引荐面见吕后，一场激辩，吕后心服答应放人，因刘章已带回药，羁留医生已无必要。服了「不老」药的吕后果然青春貌美，为展现青春，宴邀文武百官。席间；吕后感觉身体不适，借故退席。原来「不老」药有时间限度，必须再服「长生」药，方可长生不老。吕后命刘章追找莫娘，夺取她身上的「长生」药，同时延请淳于意入宫，组成研究小组，在秘密基地研究长生不老药的秘方。 　　淳于意的无端失踪令缇萦忧急在心，四处打听寻人，此间大弟子骆凡与姊姊缇乐为霸占家产赶走缇萦。吕后服下长生不老药之后，性情大变，倒行逆施，为家天下，对刘氏施压。刘章深感刘襄对吕后唯命是从，助纣为虐，兄弟俩渐行渐远，终至反目。刘章在复国重任与兄弟情间双重夹击下与无家可归的缇萦周游列国由相知、相惜、相恋。 　　项云；西楚霸王项羽的后裔，在一次误以为死亡之下为缇萦医术所救，因之爱上缇萦。另；琴子不甘刘章离她而去，一路追赶而来，四人陷入感情漩涡。项刘不两立，缇萦为化消项羽后裔与刘家的恩怨牺牲，怀着感恩与痛苦的心境，背着成为活死人的缇萦历尽艰难，往巴蜀找到长生不死的扁鹊，以起死回生，救活缇萦。（其实乃淳于意假扮）直到查出父亲暗中为吕后制造「长生不老」药，忍痛与父亲决裂，联手刘章毁掉父亲心血。长生不老药的后遗症是缩短寿命，一如昙花，虽美但不长在，所以吕后心中的敌人是--时间，为「长生」与「不老」做批注。　　

医神保生大帝吴夲与瘟君成了同门师兄，千年斗法。天庭如人间，小人当道，君子被贬，落在下风的瘟君设计挑拨众神仙向玉帝告状，说保生大帝管了太多人间闲事，玉帝发怒将保生大帝打入凡间，并下旨交代一项“不可能的任务”，把一个品行顽劣的医官培养成一代名医，重返天界，恢复神籍。从此，医神变为郎中，混混成了徒弟，一对神差万里的师徒开始行走江湖，医疗众生。

继2003年播出的电视剧《神医喜来乐》成就经典的十年之后，原班主创再续前缘的新篇新传。作品照应前部并呈现新的风格，在拍摄制作和视觉观感上更加精良化。故事自庚子国变再度拉开，被发配东北的神医喜来乐一家又被卷入更加动荡的时代漩涡。

吴夲原是一个掌管医书的小神，却凭借智慧和魄力多次阻止神医盖飞和魔王瘟君袭击天庭。在一次与盖飞和瘟君的打斗中，三人纷纷落入凡间。玉帝的两位女儿也因卷入争斗而误落凡间。在凡间，吴夲成了游医行侠仗义，治病救人，受百姓爱戴，引来已是太医的盖飞嫉妒。两人在凡间争斗不断。误落凡间的两位公主对吴夲心生爱慕，却又深陷二人的争斗，与此同时，瘟君之徒青竹欺骗下凡寻找公主的哪吒，寻找到复原瘟君的宝贝，使得魔王再次...

张振东穷困潦倒家徒四壁，爷爷去世后，常被村长的儿子白三欺凌，偶然获得一本奇书《不求人》。小试身手后，张振东成了村里小有名气的医生。与此同时恶势力正在酝酿着一场大阴谋。张振东和刘月香相遇，两人开始了逃亡之旅。路上两人一路躲避绑匪。回城路上，再遇绑匪。下乡旅游的网红女主播晶晶缠着张振东要拜他为师，跟着张振东和刘月香进了城。不速之客突然到来，张振东这才恍然明白一路过来阴谋重重。

在繁华喧嚣的都市之中，隐匿着一位拥有神奇医术的神医龙游。他曾是名动一时的医道高手，却因厌倦了江湖的纷争与尘世的繁华，选择隐姓埋名，藏身于都市的角落。命运的转盘却在不经意间转动，让这位游戏人间的神医遇到了生命中的意外——千金大小姐苏婉清。苏婉清出身名门望族，美貌与智慧并重，却因家族的权谋斗争和一桩政治联姻，被迫嫁给了一个她不爱的男人。

中医世家之女唐杞子偶然间救下了被困画中的唐代神医，因从小佩戴的祖传手镯与其玉佩连接，俩人被困在了一丈之内，从此开启了亲密的同居生活。在努力适应现代生活的过程中，神医唐勤简也身体力行地教会了唐杞子如何成为一名优秀的中医。

无父无母的孤儿李阳被三位师娘收养在潜龙山学医学武，成年后奉师娘之命下山寻找未婚妻苏小雨，哪成想一下山就遇到了改名苏清雨的未婚妻，二人的命运无形中纠缠在了一起。随后李阳因寻找苏小雨战血堂、斗庸医、展医术，最终成为名震江州市的大人物并抱得美人归。

战国时期，一场变故让郑国公主半夏沦为孤儿。她流落民间，结识神医苍术的两个徒弟狗宝和独活，以及巫医葛根的女儿丁香。四个人青梅竹马，一起长大。半夏的恋人独活医术高超，但贪恋荣华，背信弃义。半夏逐渐发现狗宝才是她一生所爱。狗宝出身卑贱，擅出奇招看病，一生理想只在悬壶济世。可命运一次又一次把他拖入危机中。狗宝坚守正义，固守医道，在丁香、葛根、半夏以及几个徒弟的帮助下，潜心研修医术，用神奇的医术多次挫败独活的阴谋。独活多行不义必自毙。狗宝最终也实现人生理想，远离恩怨是非，带着恋人丁香游历民间，终生为百姓治病，救治百姓不计其数，被后世百姓尊为神医。

南宫家的三小姐，南宫浅从小就体弱多病，胆小怕事，脑子也愚笨，娘亲去世后被同父异母的两个姐姐排挤和欺凌，被称之为废材。一次偶然的机会，南宫浅从爹手中得到了传家之宝神农神戒，打开了穿越的大门，来到了仙界修炼。从此以后，南宫浅脱胎换骨，身怀神功附体，再也没人敢欺负她。强大后的南宫浅不满意家族给她安排与太子的婚事，屡次当众顶撞太子。一次偶然南宫浅遇到受伤的七皇子，渐渐爱上了风流倜傥的七皇子，从此太子与七皇子的恩怨不断，开启了爱情的保卫战。

苍茫的荒漠中，远远可见一名白袍男子、撑着一把细花纸伞、骑在驴背上、正随手编写着一本黄历… 安道全如是写着“庆利四年、正月二九、惊蛰、春雷乍鸣、冬眠虫兽赫醒，宜架枝播种，不利远行，犹忌向北 …”突然、驴子不肯前进，并发出不安的呜咽声；安道全安抚驴子，并自语着，明知不宜北行，却不得不朝北前进，此行必定经历凶险… 突然间，远处卷来了一阵狂风沙，朝着安道全迎面扑来，同时，在风沙中，赫见一名女子（仇拥梅）推着一辆推车，拔腿急奔，推车上是个笼子，里面关着一位小女孩（芯儿），紧追在后的是杀手（追风）…追风抡舞手中快刀，追杀拥梅母女，突然间、狂沙中又出现几个怪人，出手要抓拥梅母女，追风反而出手保护拥梅及芯儿…安道全看在眼里，虽觉莫名、但亦出手相助，连续射出数十枚针灸所用的银针，击退那群面容可怕的怪人… 风波暂息，安道全得知杀手追风的目标，是被关在笼子里的小女孩芯儿，而拥梅护女心切，宁死也不让追风带走女儿，追风打算强抢，但不是安道全的对手、只好作罢，临行前，追风语带玄机的警告安道全：“亲眼所见的事实，往往是蒙骗自己最大的谎言 ”… 拥梅生性多疑，对安道全的仗义相救，并无半点感激，反而视如仇雠般的利言相向，旋即推着车、带着女儿离去，临行前，安道全看见被关在笼里的芯儿、眼神里充满了不安和恐惧，心里不禁生疑，天下怎么有母亲、忍心将自己的孩子锁在笼子里呢？！难道芯儿并非是拥梅亲生？！或是另有隐情？！ 夜里下起了滂沱大雨，拥梅推着车上的芯儿、来到一处义庄避雨，殊不知，一旁暗处，有一个半张脸被毁容的恐怖男子（铁云），双眼正盯着拥梅母女的一举一动…义庄里百列着数十口棺材，气氛虽然恐怖，但为免露宿风雨之中，拥梅只得好言安慰芯儿，于义庄中暂歇一宿…时至三更，在笼子里熟睡的芯儿，觉得有一双厚实的手掌，正温柔的抚摸着她的脸颊，芯儿迷糊醒来，竟发现一张被毁容的脸（铁云），正对着她微微笑着，芯儿不禁吓得惊叫…惊叫声吓走了铁云，也惊醒了拥梅，这时、拥梅突然出现幻觉，看见一口口的棺材中，竟爬出怪人来，朝她扑抓而来…拥梅心惊失措、拔出随身短刀、指着怪人，喝令不准过来…就在同时，追风飞身出现，一刀劈开笼子的大锁，放走芯儿，这时、拥梅突然听见芯儿的尖叫声，回神过来，定睛一望，赫见芯儿背影朝门外奔去，并被黑暗的夜色吞没，拥梅顾不得其它，大喊着芯儿的名字、并拔腿追去… 荒垠的边城，了无人迹，拥梅一路找来，就是找不到芯儿，但是远处、彷佛总是有个人影划过，拥梅不宜有它，朝着人影追去…几经周旋，拥梅来到一处不知名的地方，原本是条直挺的官道，竟然断成了一道悬涯，拥梅赫见前无去路，正愁苦着如何才能找到芯儿，孰料这时、一位黑袍遮脸的男子（铁云）突然出现，铁云语气神秘的要拥梅勿履险途，拥梅则不愿听从，并逼铁云以真面目示现，岂料，当铁云真的脱除遮脸的斗蓬时，拥梅一见铁云被毁的半张脸孔竟被吓得当场昏倒… 霪雨绵绵的午后，拥梅呢喃醒来

　　乐善好施的阿凡提手牵毛驴来到一个混有形形色色的人的热闹市集，正苦于拔不掉病人的坏牙的牙医看到他，犹如看到明灯，可是阿凡提却摆摆手说不懂如何行医，但自己的毛驴懂，牙医和周围的人都很好奇，结果毛驴拔牙的方式令他们十分佩服。紧接着，聪明的阿凡提假借毛驴神医之名声，治好了肥胖者、苦于找不到知音的歌者等人的病或心中的郁结，并捉弄了自称很有智慧的信口雌黄者、惩治了小偷。